Ad un certo punto, senza alcun motivo, senza alcun preavviso, il 14 ottobre di un anno imprecisato il 2% della popolazione mondiale sparisce nel nulla. Non c’è uno schema, non c’è nessun seguito all’evento, solo lo sconcerto del mondo di fronte all’accaduto. Tre anni dopo nessuno è veramente riuscito ad andare avanti rispetto all’evento che alcuni chiamano “rapimento della Chiesa”, e quella che si vive è solo una calma apparente. Osserviamo gli eventi che si svolgono nella cittadina di Mapleton nel terzo anniversario dalla scomparsa. Qui si è formata una comunità che si è autodefinita Guilty Remnant (Colpevoli Sopravvissuti): vestono di bianco, non hanno particolari averi, hanno fatto il voto del silenzio, e come dice il loro nome vivono nel costante senso di colpa per essere rimasti.
Uno dei protagonisti della storia è il poliziotto Kevin Garvey (Justin Theroux), che cerca di mantenere l’ordine in città e di evitare scontri tra cittadini e Colpevoli Sopravvissuti. In seguito al grande evento sua moglie Laurie ha deciso di unirsi ai Colpevoli (si scoprirà che lo ha fatto perché era incinta e il giorno X suo figlio è scomparso), mentre sua figlia Jill ha assunto un atteggiamento distaccato. Il figlio maggiore di Laurie (Amy Brenneman), Tom, si è invece unito alla setta di un certo Wayne, che avrebbe il potere di entrare in contatto con le anime degli scomparsi. Tra gli altri personaggi spicca Megan (Liv Tyler), che ad un passo dalle nozze ha vissuto una crisi personale che l’ha portata ad entrare nelle fila dei Colpevoli, prima come simpatizzante, quindi come membro a tutti gli effetti. Infine ci sono il reverendo Matt (Christopher Eccleston), anche lui in crisi dopo l’evento, e sua sorella Nora Durst (Carrie Coon), che ha perso il marito e due figli.
La tensione aumenta di episodio in episodio prima di sfociare nel finale in un aperto tumulto. I colpevoli perseguitano in vario modo gli abitanti della città, prima presenziando al giorno della memoria, quindi entrando nelle case di tutti rubando le foto dei loro cari, infine costruendo dei manichini a riproduzione degli scomparsi e piazzandoli nelle abitazioni. In tutto questo arriva anche l’omicidio rituale di una di loro, Gladys. La stessa Patti, capo del gruppo, muore infine suicida, lasciando il comando a Laurie, che nel frattempo ha chiesto e ottenuto il divorzio da Kevin. Megan intanto ha molte difficoltà ad ambientarsi e ad accettare la regola del silenzio, ma infine ce la fa.
Kevin quindi si avvicina a poco a poco a Nora. La donna ha vissuto il trauma peggiore di tutti, ora gira con una pistola nella borsa, perseguita quella che era l’amante del marito, medita il suicidio, lascia la città per partecipare ad un congresso. Nel festino in albergo che seguirà è chiaro che la donna pensa di non avere più nulla da perdere. Incontra però un assistente di Wayne che la porta dal guru il quale riuscirà a liberarla dalle sue ossessioni. Inizia quindi la relazione tra Kevin e Nora, che tuttavia incontra le resistenze della figlia Jill (la ragazza a un certo punto si trova in pericolo di vita, ma viene salvata dal nonno e padre di Kevin). Il ritrovamento in casa delle sagome dei propri familiari la getta infine nella disperazione. Ad un passo dal suicidio, la donna però trova la forza di fare un passo indietro.
Tom, unitosi alla setta di Wayne, rimane deluso da ciò che scopre. Durante un massacro compiuto da squadre speciali, il guru affida a Tom la vita della sua protetta Christine, che porterebbe in grembo un prescelto. Ma Christine è solo una delle tante donne alle quali è stata raccontata questa storia, e gli stessi poteri di Wayne potrebbero essere solo un’abile costruzione, per quanto efficace. Alla fine Christine partorisce una bambina, che verrà abbandonata dalla donna. Tom torna a casa. Per quanto riguarda Jill, la sua caratteristica principale è un’apatia costante e un forte distacco, che però celano la sua sofferenza per le divisioni nella sua famiglia. Alla fine anche lei si unisce ai Colpevoli.
Da parte sua Kevin ha a che fare con eventi a metà fra allucinazioni e situazioni inspiegabili, la maggior parte dei quali legati ad un uomo, Dean, che uccide i cani randagi perché non sarebbero più gli stessi. Kevin si ritrova poi, senza sapere come, insieme allo stesso Dean in un casolare molto lontano, dove i due avrebbero portato Patti dopo averla rapita. Tornando a casa dopo aver seppellito Patti, insieme al reverendo Jamison, Kevin si ferma in un locale. Nel bagno di quel locale, trova proprio Wayne, ferito a morte, che si offre di esaudire un suo desiderio prima di morire. Tornato in città, la trova in fiamme, ma riesce a salvare la propria famiglia. Il mattino seguente, Kevin, Jill, Nora, Laurie, Tom e la piccola di Christine si ritrovano, pronti ad un nuovo inizio.
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